Có thuyết cho rằng Trần Văn Huy có cha là Trần Quốc Kiệt và mẹ là Trần Thị Hướng. Trần Quốc Kiệt là hậu duệ 5 đời của Trần Quốc Tuấn[cần dẫn nguồn].

Trần Văn Huy tên thật là Trần Nguyên Trừng (hay Trần Trừng), xuất thân từ một chi họ trong hoàng tộc nhà Trần, thuộc dòng dõi các vua Trần. Đời cha ông vì dính dáng đến vụ Hồ Quý Ly truy sát một số tôn thất nhà Trần năm 1399 nên mới lánh đến xã Cổ Nông, châu Đà Giang, phủ Tam Giang (nay thuộc huyện Tam Nông, tỉnh Phú Thọ). Sau này, để tránh liên luỵ do gia đình có mối quan hệ với Tả tướng quốc Trần Nguyên Hãn nên sau khi Tả tướng quốc bị hại năm 1429, ông mới đổi tên là Trần Văn Huy và dời đến định cư ở huyện Bất Bạt.

Sinh ra vào thời giặc nhà Minh xâm lược nước ta, từ nhỏ, Trần Văn Huy và mẹ mình sống ẩn cư tại xã Cổ Nông, châu Đà Giang. Nhà nghèo, mẹ của Trần Văn Huy phải đi bán nước chè xanh ở quanh vùng trong các dịp lễ hội. Sau đó, bà mẹ mất sớm, Trần Văn Huy phải chịu đựng vượt qua nhiều khó khăn gian khổ, khi cha đang phải lánh nạn ở đất Sơn Nam (nay thuộc xã Ngọc Sơn, huyện Đô Lương, tỉnh Nghệ An) cùng với người con trai thứ tên là Trần Hiện.[1]